由于色谱仪的色谱柱具有的分离能力，把物质按保留时间大小进行分离，然后通过与标样保留时间进行对比的方法确定物质性质，因此对未知样品很难定性分析。而质谱仪是直接测定物质的质量数与电荷的比值(m/z)在定性分析方面既准确又快速。把色谱与质谱联合起来使用，
气相色谱质谱联用仪GCMS实际上是把质谱仪作为色谱仪的一个通用检测器来使用。
气相色谱质谱联用仪GCMS主要扫描模式：
1.[endif]全扫描：扫描两个质量过滤器（Q1和Q3）的整个（或部分）质量范围，而Q2不包含任何碰撞气体。此实验可以查看样品中包含的所有离子。
2.[endif]子离子扫描：在Q1中选择一个特定的m/Q，用碰撞气体填充Q2使所选m/Q碎裂，然后扫描Q3的整个（或部分）质量范围。该实验可以查看所选前体离子的所有碎片/产物离子。
3.[endif]前体离子扫描：扫描Q1的整个（或部分）质量范围，在Q2中填充碰撞气体，将扫描范围内的所有离子碎片化，然后Q3选择一个特定的m/Q分析。此实验可以通过检测产物离子和检测之前的m/Q的时间相关性，确定哪个m/Q前体离子可能产生所选产物离子。
打开和关闭顺序：
启动：开启氮气，设定温度（柱箱、汽化）加热空气和氢气点火。
基线注射对准
关闭：关闭氢气和空气，关闭加热器，冷却氮气，在室温下关闭气相色谱质谱联用仪GCMS电源。
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